CIP系统是一种无需拆卸及打开设备，且几乎完全不需要操作员参与，对洁净区所有设备或管道进行清洁的清洗方法，在一定流体流量和压力的条件下，将清洗剂喷射或喷洒到设备表面或在设备中循环的过程，整个清洁过程通常由多个独立的清洗步骤组成。

CIP系统主要组成部件：

CIP罐：配置冲洗水、清洗液及消毒液的罐；

管道：连接CIP罐与待洗设备的管道；

泵：供应泵与回流泵；

阀、热交换器、液位控制、洗球(CIP罐及产品罐）、化学品添加及监控设施、CIP控制器

SIP系统

在线灭菌系统（SIP） 

在线灭菌系统通常利用饱和蒸汽在较短时间内有效杀死微生物及芽胞体，该功能可由自动程序来完成。灭菌时必须使用洁净蒸汽，即必须使用纯蒸汽发生器产生的饱和纯蒸汽来对冻干机进行灭菌操作。该系统由灭菌腔室（冻干箱、冷阱）、水环泵、阀门、管路、温度控制及压力控制系统组成

在制药设备中，在线清洗与在线灭菌的应用也是相辅相成、不可分割的。在线清洗与在线灭菌在无菌制剂生产设备中若使用得当，会发挥其他清洗与灭菌方法无法比拟的作用，会大大减少产品的交叉污染，提高产品质量。如某冻干机产品，其CIP／SIP功能在喷淋头的设计上是经CFD与动态试验而确定的，确保每个点都能有效清洗到。同时，产品上有整套CIP／SIP程序，有多项清洗与灭菌参数，可保存与记录。